Экскурсия знакомит посетителей с деятельностью крупнейших мастеров фресковой живописи XVII века — царских изографов, а также с русской традицией творческого отношения к иконописному делу, где мастерство сочеталось с глубоким духовным содержанием. Живопись Ильинской церкви отражает соединение двух традиций: исконно русской и новой, сформировавшейся к XVII веку, когда в России активно шёл процесс обмирщения культуры. Это нашло яркое отражение в росписи: в отличие от других храмов, она содержит множество бытовых сцен.

Работы в Ильинской церкви выполнялись под руководством знаменитых иконописцев Оружейной палаты — Гурия Никитина и Фёдора Зубова. В храме можно увидеть сюжеты, посвящённые жизни Ильи пророка и его ученика Елисея, которые творили чудеса: исцеляли больных, помогали бедным, воскрешали мертвых. Особое внимание уделено деталям одежды и сценам из жизни простых людей — жатве, рождению детей.

Кроме того, роспись включает сюжеты из Ветхого завета: сотворение мира, жизнь первых людей в Раю, искушение Змея, изгнание Адама и Евы и их быт на земле. Художники максимально приближали образы к русской действительности XVII века: кормящая младенца Ева, запряжённые в обычную конскую упряжь волы, Каин и Авель в русских рубахах и сарафанах. Особое впечатление производит реалистичная и поэтичная сцена жатвы.

В стенах храма также можно увидеть выдающиеся образцы деревянной резьбы XVI–XVII веков: царские врата, иконостасы, надпрестольную сень и специальные места, предназначавшиеся для пребывания царя Алексея Михайловича и патриарха Никона.